L'énoxaparine est une héparine de faible masse moléculaire qui, par rapport à l'héparine naturelle, se caractérise par une nette augmentation du rapport entre l'activité anti-Xa et l'activité anti-IIa, qui est toujours supérieur à 4.
La masse moléculaire moyenne de l'énoxaparine est de l'ordre de 4500 daltons.
En plus de son activité anti-Xa/IIa, on a identifié d'autres activités anti-thrombotiques et anti-inflammatoires de l'énoxaparine chez des patients et des sujets sains ainsi que dans des modèles non cliniques.
Elles incluaient une inhibition dépendant de l'ATIII d'autres facteurs de coagulation tels que le facteur VIIa, une induction de la libération endogène de l'inhibiteur du facteur tissulaire (TFPI, Tissue Factor Pathway Inhibitor) ainsi qu'une réduction de la libération du facteur de von Willebrand (vWF) à partir de l'endothélium vasculaire vers la circulation sanguine. Ces facteurs sont connus pour contribuer à l'effet anti-thrombotique global de l'énoxaparine.